Les relations entre le Japon et Taïwan sont encadrées par le communiqué conjoint de 1972, repris dans le traité commun de 1978. Depuis lors, le Japon a maintenu des relations de travail non gouvernementales avec Taïwan puisque le Japon ne reconnaît pas la république de Chine, et emploie la dénomination neutre « Taïwan » à la place.
Comme condition préalable pour ouvrir des liens avec la RPC, le Japon abroge le traité de Taïpei avec le gouvernement non reconnu de Taïwan. Selon le Communiqué commun du gouvernement du Japon et du gouvernement de la république populaire de Chine de 1972, le gouvernement du Japon comprend parfaitement et respecte la position du gouvernement de la République populaire de Chine sur le fait que Taïwan est un territoire inaliénable de la République populaire de Chine, et maintient fermement sa position en vertu de l'article 8 de la Déclaration de Potsdam, qui énonce : « Les termes de la déclaration du Caire seront appliqués et la souveraineté japonaise sera limitée aux îles de Honshū, de Hokkaidō, de Kyūshū, de Shikoku et d'îles mineures que nous déterminons. »
Les deux pays gardent tout de même des liens non-gouvernementaux, entre autres par l'intermédiaire de l'Interchange Association, ambassade officieuse du Japon à Taïwan, et de l'Association of East Asian Relations, ambassade officieuse de Taïwan au Japon[1].
La déclaration conjointe Japon-Chine d'amitié et de coopération pour la paix et le développement de 1998 déclare « le Japon continue de maintenir sa position sur la question de Taïwan comme indiqué dans le communiqué conjoint du gouvernement du Japon et du gouvernement de la république populaire de Chine et réitère son accord sur le fait qu'il n'y a qu'une seule Chine. » Le Japon a réitéré qu'il maintiendrait ses échanges avec Taïwan sous forme de caractère privé et régional.
Actions récentes
Les habitants de Taïwan sont considérés comme des étrangers, définis dans la loi sur le cas spécial de demande d'entrée des étrangers titulaires d'un passeport, et le Japon accorde des visas de 90 jours pour les passeports taïwanais. Cette règle est entrée en vigueur le , en conformité avec un programme visant à attirer plus de touristes au Japon[2].
Durant une conférence de presse du , l'attachée de presse adjointe Tomohiko Taniguchi a annoncé que, dans un discours de 2005, le ministre des Affaires étrangères Tarō Asō avait exprimé ses inquiétudes concernant la paix et la stabilité dans le détroit de Taïwan sur la base du communiqué conjoint Japon-Chine de 1972. L'annonce a réitéré la position du gouvernement japonais « […] que nous ne prenons pas une politique de deux Chines ou d'une Chine et d'une Taïwan. »