Au Moyen Âge, de nombreux échanges commerciaux étaient réalisés avec les commerçants arabes mais aussi de l'ouest de l'archipel indonésien. Ainsi un capitaine persan, Ibn Shahriyar, dans son Livre des merveilles de l'Inde, rapporte le témoignage d'un marchand arabe du nom d'Ibn Lakis qui en 945, voit arriver sur la côte du Mozambique "un millier d'embarcations" montées par des Waq-Waq qui viennent d'îles "situées en face de la Chine" chercher des produits et des esclaves "zeng", mot arabe qui désigne à l'époque les habitants de la côte est de l'Afrique. Une grande partie de la population littorale au Nord était déjà convertie à l'islam.
1498 marque l'arrivée du navigateur portugais, Vasco de Gama. Peu de temps après, les Portugais installèrent des comptoirs et construisirent des forts. La colonisation portugaise dure cinq siècles.