Initialement, Porto Calvo reçoit le nom de Santo Antônio dos Quatro Rios, en l'honneur des quatre rivières qui le traverse : Manguaba, Camarajibe, Santo Antônio Grande et Tatuamunha.
L'origine du nom actuel viendrait d'une légende qui veut qu'un vieillard chauve, qui vivait sur le fleuve, ait construit un port, Porto Calvo. Pour commémorer la victoire de Matthias de Albuquerque contre les Hollandais, le village est rebaptisé Bom Sucesso, mais les habitants continuent à appeler le lieu Porto Calvo, qui sera finalement conservé.
Les premiers Portugais arrivés dans la région cultivèrent la canne à sucre, ils construisirent une chapelle et sept moulins. Ils cherchèrent rapidement à défricher les terres pour accroitre la surface des plantations. Porto Calvo est l'un des premiers lieux brésilien à être habités par les Portugais. Christophe Lins organise une expédition et reçoit le titre de capitaine général de Porto Calvo en 1600, après avoir expulsé et dépossédé les Indiens de leurs terres.
Porto Calvo s'enrichit considérablement grâce à sa position stratégique lors de la guerre contre les esclaves révoltés de Palmares en devenant la base arrière des forces portugaises. Mais il reste cependant un modeste village jusqu'au milieu du XVIIe siècle. Les Hollandais contribuent au développement du village, qui devient une place importante de la capitainerie de Pernambouc, qui englobait alors l'actuel État d'Alagoas.
Le , Porto Calvo devient un village, avant d'être érigée en ville le ; ce statut lui est confirmé par décret du .
