La porte fut reconstruite, en 1606, sous le règne d'Henri IV, sous la forme d'un gros pavillon carré, devant les nos 1 et 3 du quai.
Lorsque Louis XIV fit démolir les fortifications, l'architecte François Blondel construisit, en 1670, la nouvelle porte Saint-Bernard sur le même modèle que les portes Saint-Denis et Saint-Martin. La première pierre de la nouvelle porte fut posée par Jean-Baptiste Colbert, agissant comme surintendant des Bâtiments du roi, le . La plaque commémorative de cette cérémonie est conservée à Paris au musée Carnavalet[4].
La porte Saint-Bernard fut détruite entre 1787 et 1790[5], elle ne figure déjà plus sur le plan Verniquet de 1790, plan le plus précis de Paris jamais réalisé.
A cet emplacement (Porte Saint-Bernard) se trouvait le Port-aux-vins : on le retrouve cité chez Zola dans les Rougon-Macquart (Par exemple au baptême du fils de Napoléon III, Louis-Napoléon, prince impérial, le dans « Son Excellence Eugène Rougon», chapitre IV).
Vue d'optique de la porte Saint-Bernard et, au premier plan, du pont de la Tournelle au XVIIIe siècle. La vue d'optique étant inversée, la gravure est prise de l'intérieur de la ville, vers l'est.
↑Renaud Gagneux et Denis Prouvost, Sur les traces des enceintes de Paris : promenade au long des murs disparus, Paris, éditions Parigramme, , 246 p. (ISBN2-84096-322-1).
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