Au premier tour, l'équipe classée numéro 1 affronte l'équipe classée numéro 8, la numéro 2 la 7, la 3 la 6 et la 4 la 5. En demi-finale de conférence, l'équipe vainqueur de la série entre la numéro 1 et la numéro 8 rencontre l'équipe vainqueur de la série entre la numéro 4 et la numéro 5, et l'équipe vainqueur de la série entre la numéro 2 et la numéro 7 rencontre l'équipe vainqueur de la série entre la numéro 3 et la numéro 6. Les vainqueurs des demi-finales de conférence s'affrontent en finale de conférence. Les deux équipes ayant remporté la finale de leur conférence respective (Est ou Ouest) sont nommées championnes de conférence et se rencontrent ensuite pour une série déterminant le champion NBA.
Chaque série de playoffs se déroule au meilleur des 7 matches.
Avec l'ajout de la 30e franchise NBA, les Charlotte Bobcats, en 2005, la NBA a réorganisé ses divisions. Chaque conférence avait trois divisions de cinq équipes chacune, et à ce moment-là, le gagnant de chaque division avait la garantie d'avoir un des trois premiers tickets de playoffs, que l'équipe ait ou non l'un des 8 meilleurs résultats de sa conférence. Malgré cela, le champion de division n'avait pas la garantie d'avoir l'avantage du terrain ; une équipe gagnante de sa division pouvait être classée troisième ou même deuxième et rencontrer une équipe n'ayant pas gagné sa division, mais ayant eu un meilleur résultat, qui remportait alors l'avantage du terrain. Ceci a été illustré au premier tour cette saison-là, quand l'équipe à 44 victoires des Nuggets de Denver ont remporté la Division Nord-Ouest, et ont eu le troisième ticket de playoffs, sans avoir l'avantage du terrain face aux Clippers de Los Angeles, sixième ticket de playoffs mais avec 47 victoires. Les Clippers avaient joué les Memphis Grizzlies une semaine avant les playoffs, pour le cinquième et sixième ticket. Toutefois, le perdant de cette rencontre devait rencontrer Denver, alors que le gagnant serait face à Dallas, qui avait le deuxième meilleur résultat de la ligue cette saison-là. Il a été supposé que les Clippers ont perdu à dessein, pour pouvoir jouer Denver au premier tour. Cependant, à partir des playoffs 2007, gagner une division ne garantit plus d'être dans les trois premiers tickets de playoffs.
Les Nets sont têtes de série no 3 à la faveur de leur titre de division Atlantique.
Les Nuggets occupent la 3e position grâce à leur titre de division Nord-Ouest. Le classement de Dallas (4e malgré le 2e meilleur bilan de la conférence) a déclenché une polémique qui a abouti à une modification du règlement en 2007.
