Dans son cours inférieur, la vallée fluviale est protégée dans le cadre de la réserve paysagère de la vallée de la rivière Pirita.
Parmi les autres espaces protégés au bord de la rivière citons le parc du manoir Ravila, la réserve naturelle de Kämbla, le parc du manoir Kose-Uuemõisa, la réserve naturelle de Laukesoo.
La rivière abrite également de nombreuses espèces protégées et de nombreux sites.
Le bassin versant de la Pirita a une superficie de 807,8 km2.