Après la Confédération, le Québec est une province canadienne et l'ancien parti bleu devient la section québécoise du parti conservateur de Macdonald. Ce parti forme le gouvernement de la province et Pierre-Joseph-Olivier Chauveau devient le premier premier ministre du Québec. Cartier est le lieutenant québécois de Macdonald à la Chambre des communes à Ottawa. Les conservateurs dominent la politique du Québec aux niveaux fédéral et provincial pendant les trente années à venir. Ils formeront le gouvernement du Québec pendant vingt-cinq ans sur trente, fournissant huit des dix premiers ministres durant cette période.
Cependant, le parti devient de plus en plus divisé entre une faction modérée et la faction ultramontaine des fondamentalistes catholiques. De plus, les liens du parti provincial avec le parti conservateur fédéral nuisent au parti provincial parce que le parti fédéral est perçu comme hostile aux Canadiens-français et au Québec. L'exécution de Louis Riel en 1885 met les Québécois en colère et nuit aux conservateurs de Macdonald lors des élections.
Après la mort de Macdonald en 1891, la coalition qui forme le parti conservateur fédéral s'effondre, en particulier sur la question des écoles du Manitoba. La résolution de cette polémique élimine la possibilité d'une présence significative des Canadiens-français dans l'ouest canadien.
Les conservateurs fédéraux perdent l'élection fédérale de 1896, en grande partie à cause de l'effondrement de leurs appuis au Québec. Le gouvernement conservateur provincial de Edmund James Flynn perd l'élection provinciale de 1897. À la suite des défaites de 1896 et de 1897, les conservateurs sont minoritaires au Québec tant à l'Assemblée législative qu'à la Chambre des communes. Le parti conservateur du Québec n'a jamais formé un autre gouvernement provincial. Le Parti libéral du Québec exerce le pouvoir sans interruption pendant les trente-huit années suivantes.
La popularité des conservateurs chute encore avec la crise de la conscription de 1917 quand le gouvernement conservateur fédéral de Robert Borden impose la conscription au Québec malgré l'opposition de la majorité de Québécois. Cet événement entraîne des émeutes dans la province.
En 1933, Maurice Duplessis devient le chef des conservateurs du Québec. L'année suivante, le parti libéral au pouvoir se divise quand un groupe de libéraux nationalistes mécontents du gouvernement de Louis-Alexandre Taschereau quitte le parti pour former l'Action libérale nationale (ALN). Duplessis approche le parti dissident et, deux semaines avant l'élection de 1935, les conservateurs et l'ALN forment une alliance sous le nom d'« Union nationale » dans le but d'éviter de diviser les votes opposés aux libéraux. Plus tard, l'alliance est formalisée et les deux groupes fondent un parti unique sous le nom d'Union nationale. Ce parti remporte l'élection de 1936 et domine la politique québécoise jusqu'à la mort de Duplessis en 1959.
Lors de l'élection générale de 1939, un vestige de l'ancien Parti conservateur présente trois candidats. Ils ne récoltent que 0,2 % des voix, et le parti se dissout peu après.
