Le parc national comprend les trois grandes îles de Komodo, Rinca et Padar, ainsi que de nombreuses autres plus petites. La superficie totale du parc est de 1 817 km2, pour une superficie terrestre de 603 km2.
Le parc national a été créé en 1980, avec pour objectif de protéger le dragon de Komodo (Varanus komodoensis) et les cétacés. L'objectif a été élargi plus tard, vers une protection de la flore et de la faune de la région, y compris dans les zones maritimes.