L'île a un relief escarpé, composé de colines et de montagnes volcaniques dominant des baies profondes. Le climat y est sec, la végétation y est essentiellement composée de savanne.
Les plages sauvages de l'île de Padar ont chacune leur couleur, avec du sable blanc, gris ou rose. Plusieurs sites de plongée sous-marine entourent cette île.
