Après la défaite de Waterloo, les Anglais exilent Napoléon Bonaparte à Sainte-Hélène, île minuscule perdue au milieu de l'Océan Atlantique. C'est ainsi que l'Empereur déchu, qui a eu l'Europe à ses pieds, se retrouve étouffé dans un lieu au climat hostile, où il devra rester jusqu'à sa mort. C’est là qu’il dicte ses mémoires et se construit son mythe.
Mais, si « L'histoire est un mensonge que personne ne conteste », ses dernières années se sont-elles déroulées comme l'atteste l’historiographie officielle ? Reprenant les thèses les plus diverses, des plus scientifiques (empoisonnement, etc.) aux plus spéculatives (on connaît le souhait de l’Empereur de finir sa vie en Amérique...), le film ouvre de nombreuses pistes et rajoute encore un peu de mystère à la légende napoléonienne.
Au travers du parcours du jeune lieutenant Heathcote, on revient sur le dernier combat de l'Empereur. Cet officier britannique, désireux de connaître la vérité sur les événements des dernières années de Napoléon qu'il avait connu quelque temps à Sainte-Hélène, va pour cela chercher le témoignage des anciens de l'île, les généraux Bertrand, Montholon et Gourgaud, ainsi que d'un Hudson Lowe tombé depuis en disgrâce, afin de se construire sa vérité que l'on peut résumer par ce que Napoléon lui a dit : « La passion des hommes pour le merveilleux est telle qu'ils sont prêts à lui sacrifier la raison ».