D'abord affectée à la « conservation-restauration des documents d’archives » au sein de la direction des Archives de France[8] (1995-1999)[14], elle est nommée maître de conférences en histoire médiévale (1999[15]), puis professeure d'histoire du Moyen Âge (2011[16]) à l'université de Franche-Comté[5], où elle dirige le département d'histoire de 2011 à 2013[14].
À la mi-mai 2016, candidate à la succession de Jean-Michel Leniaud, elle est choisie comme nouvelle directrice de l'ENC par les deux conseils de l'École[19], puis nommée par décret du président de la République début juillet[20],[5]. La seconde femme, après Anita Guerreau-Jalabert, à occuper ce poste, elle prend ses fonctions le suivant[5] et entame un second mandat en 2021[21].
Avec Louis Cosnier, Solange Lassalle et Odile Welfelé-Capy, Guide de l'archivage au siège du CNRS, Paris, Centre national de la recherche scientifique, , 35 p. (ISBN2-910986-05-5)
Quand les femmes gouvernent, droit et politique au XIVe siècle : Yolande de Flandre (préf. Michel Parisse) (thèse de doctorat en histoire remaniée), Paris, École des chartes, coll. « Mémoires et documents de l'École des chartes » (no 64), , 443 + 8 (ISBN2-900791-49-9, lire en ligne)
Entre rébellion et obéissance : l'espace politique comtois face au duc Philippe le Hardi (1384-1404), Genève, Droz, coll. « Rayon histoire de la librairie Droz » (no 2), , 774 p. (ISBN978-2-600-01601-8)
↑Discours prononcé par Michel Zink le à l'occasion de la remise de l'insigne de chevalier de la Légion d'honneur à Michelle Bubenicek, publié sur le site enc-sorbonne.fr.
↑Michelle Bubenicek, Le Pouvoir au féminin : une princesse en politique et son entourage : Yolande de Flandre, comtesse de Bar et dame de Cassel (1326-1395) (thèse), École des chartes, .
↑sous une forme remaniée : Michelle Bubenicek (préf. Michel Parisse), Quand les femmes gouvernent, droit et politique au XIVe siècle : Yolande de Flandre (thèse de doctorat en histoire remaniée), Paris, École des chartes, coll. « Mémoires et documents de l'École des chartes » (no 64), , 443 p. (ISBN2-900791-49-9, lire en ligne)