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Magnusson a 30 sélections et a marqué 12 buts avec l'équipe de Suède de 1986 à 1992[2], il a aussi joué la Coupe du monde1990, durant laquelle il subit une grave blessure qui le fait quitter les terrains pendant un an.
Seize ans après avoir pris sa retraite, Magnusson fait un rapide retour sur la scène footballistique, acceptant une invitation de Benfica à prendre part à un match de charité pour les victimes du tremblement de terre d'Haïti de 2010. Magnusson n'ayant plus la même forme physique que quand il était joueur, entra dans les dernières minutes du match et fut acclamé par une foule avant de trébucher, cette anecdote le suit depuis[3].