Cette espèce a longtemps été placée dans le genre Alcedo. Elle a été déplacée dans le nouveau genre Corythornis à la suite des travaux phylogéniques de Moyle et al. en 2007[1].
nais et thomensis formaient auparavant des espèces distinctes nommées respectivement Martin-pêcheur de Principé et Martin-pêcheur de Sao Tomé mais les analyses phylogéniques de Melo et Fuchs (2008) ne soutiennent pas ce statut, et elles sont donc réintégrées dans cette espèce par le Congrès ornithologique international (classification version 3.3, 2013)[2]. Elles sont également reconnues comme sous-espèces par Clements mais pas par HBW, qui les reconnait toujours comme espèces séparées[3].
↑Robert G. Moyle, Jérôme Fuchs, Eric Pasquet et Ben D. Marks, « Feeding behavior, toe count, and the phylogenetic relationships among alcedinine kingfishers (Alcedininae) », Journal of Avian Biology, vol. 38, no 3, , p. 317–326 (ISSN0908-8857, DOI10.1111/j.2007.0908-8857.03921.x, lire en ligne, consulté le )