1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour : 4 janvier 2022
Markus Schubert commence le football à l'âge de 6 ans au SV Lok Nossen puis rejoint le SC Riesa en 2008. En 2015, il est repéré par le Dynamo Dresde et intègre son centre de formation.
Dynamo Dresde (2015-2019)
Il dispute son premier match professionnel le en championnat face au SC Preußen Münster à la suite des forfaits de Janis Blaswich et de Jean-François Kornetzky, respectivement gardien numéro 1 et numéro 2 dans la hiérarchie. Il gardera sa cage inviolée et son équipe fera match nul pour cette rencontre. Il ne rejouera plus de la saison et retournera avec l'équipe U19 du club, dans laquelle il évoluait initialement.
Le , Schubert est titulaire pour le premier match de la saison en Coupe d'Allemagne face à Coblence (victoire 2-3). Il joue donc son deuxième match avec les professionnels plus d'un an et demi après avoir joué son premier.
Pour la saison 2018-2019, Markus Schubert est promu numéro 1 dans la hiérarchie des gardiens au Dynamo par Uwe Neuhaus, qui lui avait fait jouer son premier match professionnel trois ans plus tôt.
Fin , il décide de ne pas prolonger son contrat qui prend fin en juin à la suite de l'intérêt de certains clubs dont Arsenal[1]. À la suite de cette annonce, il ne rejouera plus avec Dresde et sera écarté de l'équipe pour les trois dernières journées de championnat.
Le , libre de tout contrat, il s'engage finalement pour quatre ans avec Schalke 04.
Schalke 04 (2019-2021)
Recruté dans un premier temps pour être la doublure d'Alexander Nübel, il doit attendre le et l'expulsion de ce dernier pour le remplacer et disputer son premier match face à l'Eintracht Francfort (victoire 1-0). Trois jours plus tard, il est titulaire pour la première fois en Bundesliga face au VfL Wolfsburg (1-1).
Prêt à Francfort (2020-2021)
Le , à la suite de l'obtention du prêt de Frederik Rønnow par Schalke en provenance de l'Eintracht Francfort, il fait le chemin inverse et est prêté à son tour à l'Eintracht Francfort où il sera la doublure de Kevin Trapp. À l'issue de la saison, il ne dispute aucune rencontre.
Vitesse Arnhem (depuis 2021)
Le , il résilie à l'amiable son contrat le liant avec Schalke 04 pour s'engager pour d'une durée de trois saisons avec le club néerlandais de Vitesse Arnhem.