De son 15e anniversaire, elle a visité des cours allemandes et suédoises en compagnie de sa mère. À la mort de cette dernière, en 1691, elle demeura à Hambourg avec sa sœur cadette pendant un certain temps. En 1694, elle vient à Dresde pour solliciter auprès de l'électeur de Saxe, Auguste le Fort (futur roi de Pologne) pour éclaircir le sort de son frère Philippe-Christophe ayant disparu à la cour des Welf de Hanovre. Elle inspire alors à ce prince, marié à Christiane-Eberhardine de Brandebourg-Bayreuth, une vive passion, à laquelle elle ne tarde pas à répondre. Le à Goslar, un enfant illégitime naît de cette relation : Maurice de Saxe, futur maréchal de France et arrière-grand-père de George Sand.
Après avoir joué quelque temps un rôle des plus brillants à la cour de son royal amant, leurs relations se refroidirent et Marie-Aurore se retire dans l'abbaye de Quedlinbourg, dont elle est parvenue à devenir coadjuteure puis prieure (office qui lui confère la dignité de princesse du Saint-Empire) et se consacre dès lors tout entière à l'éducation de son fils. Pendant la grande guerre du Nord, en 1702, elle se mit à une mission de médiation le camp de l'armée du roi Charles XII de Suède, mais sans obtenir de résultat positif.
Une femme instruite, Marie-Aurore maîtrisait plusieurs langues et quelques instruments de musique, comme le luth et la viole de gambe. Elle laissa des œuvres littéraires et des livrets, ainsi que des chansons d'amour et des cantates. Le compositeur baroque Reinhard Keiser lui a dédié deux de ses opéras.
