Elle fait appel à la régenteAnne d'Autriche et, en 1645Louis XIV émet un décret accordant à Marguerite le droit de conserver son statut, son rang de princesse, dut-elle épouser Henri Chabot, et à la condition que les enfants soient élevés dans la religion catholique. Lorsque le Marquis de Seneterre l'interroge à ce sujet, elle répondit: J'ignore si je pourrais décider de l'épouser, mais je sens que je ne pourrais pas supporter qu'il épouse une autre femme[1].
Par ailleurs, Henri de Chabot et Marguerite de Rohan sont cousins au quatrième degré, descendant de Jean IV de Béthune (????-1568) et d'Anne de Melun de Gand (????-1540), qui sont leurs arrière-arrière-grands-parents.
Le titre de duc de Rohan et pair de France est recréé pour Henri de Chabot. Le catholique Chabot devient à cette occasion prince de Léon, comte de Porhoët et de Lorges, marquis de Blain et de La Garnache, baron de Mouchamps, seigneur de Héric et de Fresnay (terre en Plessé), premier baron de la noblesse et président-né des États de Bretagne, faisant rentrer dans le giron de l'église les terres du Poitou, de la Vendée et de la Bretagne, jusque-là favorables à la religion réformée. Il fonde ainsi la branche de Rohan-Chabot, issue de la Famille de Chabot Le couple se marie à Paris le . De cette union naitront six enfants, dont quatre auront une descendance[1].
Par son mariage, elle apporte en dot à son mari ses possessions et ses titres et le couple obtient que les enfants issus de cette union portent le nom et les armes de la Maison de Rohan et s'appelle de Rohan-Chabot.
L'union d'une Rohan à un homme issu de la petite noblesse et sans fortune, était considérée comme une mésalliance par les membres de la maison de Rohan, l'une des familles nobles les plus anciennes de France. Par ce mariage, son mari est créé duc de Rohan en 1648.
