Descendant d'une famille protestante du Dauphiné, il s'engage le dans la marine en qualité d'aspirant de troisième classe, participe en 1795 aux combats livrés en mer Méditerranée contre les escadres réunies d'Espagne et d'Angleterre et est nommé en même temps que son frère enseigne de vaisseau.
En 1800, il fait partie de l'expédition vers les Terres australes en direction de la Nouvelle-Hollande. Il embarque comme officier d'état-major du capitaine Nicolas Baudin sur le Géographe en tant qu'enseigne de vaisseau, et son frère Louis sur le Naturaliste comme officier d'état-major du capitaine Hamelin. Son nom est donné au Havre Henri Freycinet situé dans la baie des Chiens-Marins, aujourd'hui baie Shark en Australie-Occidentale. Il a notamment pour ordre de reconnaître en l'île de Dorre et la future presqu'île Péron. Il a pour protégé l'aspirant François-Désiré Breton[2] que Baudin qualifie de « plus inutile de tous ceux qui sont à bord[3]. » Henri de Freycinet est nommé par Baudin lieutenant de vaisseau le à Timor, « comme une récompense justement méritée pour les connaissances que vous avez acquises depuis le commencement de la campagne et la manière dont vous avez rempli votre service à bord[4]. » Il devient ainsi de facto le second de Baudin, après le débarquement à Timor du capitaine Le Bas de Sainte-Croix; mais ce poste est partagé avec le lieutenant de vaisseau (promu en même temps que lui) Ronsard, ce qui provoque des tensions entre les deux hommes. Finalement à la seconde relâche de Timor, l'équipage est appelé par vote (ce qui est un choix surprenant du commandant Baudin, fortement diminué par la maladie) à les départager. Freycinet est choisi par ce vote comme second de Baudin.
En 1802, le Naturaliste rentre en France mais son frère Louis rentre de l'expédition avec le Casuarina, goélette dont il a reçu le commandement. Le , Baudin meurt des suites d'une phtisie à l'île de France et le Casuarina y est désarmé. Pierre Milius est nommé commandant du Géographe, le , par le contre-amiral Linois. Cette désignation est mal acceptée par l'état-major, les naturalistes survivants et bien sûr par Freycinet lui-même. Le navire quitte l'île de France en .
Henri de Freycinet poursuit sa mission et, en mars 1806, il livre deux combats, près de la Martinique et de Saint-Domingue, qui peuvent compter parmi les plus brillants dont s'honore la marine française. Il est blessé et a le bras droit emporté par un boulet.
Il est nommé capitaine de frégate et commande bientôt l'Élisa.
Carrière de gouverneur colonial
Il est nommé gouverneur de l'île Bourbon et prend ses fonctions le . Ses actions se situent dans la continuité de celles mises en œuvre par son prédécesseur, Pierre Bernard Milius, lequel avait également participé à l'expédition Baudin. Dès le mois d'août de la même année, il entreprend une visite complète de l'île qui lui permettra de se rendre compte de la bonne santé économique de La Réunion.
Le gouverneur de Freycinet installe un comité consultatif de l'agriculture et du commerce dont fait partie le riche planteur esclavagiste Charles Desbassayns. Il crée également une Caisse d'escompte pour permettre aux négociants et aux planteurs de bénéficier de crédits. Il crée enfin le poste de directeur de l'Intérieur chargé de contrôler l'administration de la colonie. Nicolas Betting de Lancastel[5] en est le premier titulaire. C'est sous son administration que sont installés les ponts suspendus de la rivière du Mât et de la rivière des Roches, ponts importés d'Angleterre.
L'esclavage étant toujours présent sur l'île, et à la suite de la montée de rébellion, Freycinet crée le 21août 1823 une cour extraordinaire de justice criminelle et promulgue l'ordonnance du 27septembre 1825 qui détaille les répressions pour chaque crime et délit commis par un esclave[6].
↑« Titre de baron, accordé à Louis, Henri de Saulces de Freycinet », Titre de baron, accordé à Louis, Henri de Saulces de Freycinet, à la suite de l'ordonnance du 31 octobre 1827 - Cotes : BB/29/976, sur Archives nationales de la Culture, (consulté le )
.svg){kind=small}
