Il se participe alors à la campagne d'Algérie, après avoir embarqué à Toulon en avril 1847. On le retrouve à Oran, Mostaganem et Sibi Bel Abbès[1]. Là-bas, il dirige la construction de routes, ainsi que la mise en place du télégraphe et de systèmes d'irrigation[2]. Il est de retour en France en 1851, où il restaure le donjon et la chapelle du château de Vincennes.
Il est démis de ses fonctions lors de la dissolution des conseils municipaux de 1870, avec la chute du Second Empire[6]. Malgré ce revers, il devient président de la commission municipale et de la commission départementale du Tarn. Il devient aussi conseiller municipal à la tête de la liste républicaine, malgré la forte opposition de la préfecture tarnaise et du parti réactionnaire.
En 1876, à la suite d'un revers politique, il aura des mots durs envers ses concitoyens, déclarant sur Castres : « Sale pays, sales gens, sale vent ». Quittant la ville, Jean Alquier-Bouffard se reconvertit en tant que trésorier-payeur général du département de l'Aude, puis de l'Ariège, le 1er octobre 1879.
En 1891, il prend sa retraite et devenu veuf, habite le château de Lavelanet-de-Comminges, qu'il a hérité de son cousin. Il devient aussi maire du petit village de 1892 à 1911. En 1910, il est atteint d'une attaque, qui endommage sa vue et son élocution.
↑ ab et cAssociation La Badine, Une rue, un personnage, une mémoire protestante, Castres, , 333 p. (ISBN978-2-908600-42-1)
↑ ab et cPierre-François Pinaud, Les Trésoriers-payeurs généraux au XIXe siècle : Répertoires nominatif et territorial, FeniXX réédition numérique, , 244 p. (ISBN978-2-402-03696-2, lire en ligne)
