Jérémie était un membre de l’influente famille grecque des Tranos. Métropolite de Larissa, il est élu pour la première fois comme patriarche le mais il est déposé le par les Ottomans au profit de Métrophane III.
Il redevient patriarche en août1580 jusqu'à fin février / début mars1584 et une dernière fois du milieu 1587 à sa mort fin 1595.
Jérémie II est également resté célèbre pour le rôle qu’il a joué dans la création du patriarcat de Moscou et de toute la Russie en faveur du métropolite Job lors de son voyage en Russie en 1589. Cette élévation fut confirmée par les conciles de Constantinople en 1590 et de février1593.
Des Ottomans, il réussit à obtenir quelques privilèges pour les Grecs, comme le droit d’avoir leurs propres écoles.