Le projet « Hubertus » a vu le jour en septembre 1943, il s'est décliné en trois types : le « type L » pour la reconnaissance, le « type J » pour la chasse de nuit et le « type K » pour le bombardement. C'est le type L qui fut le plus employé. Il fut construit dans les usines ATG de Mersebourg et Weser de Brême.
Cet avion possédait des moteurs turbocompressés qui donnaient leur meilleur rendement au-dessus de 10 000 m.
Les bombardiers, bien que construits en grand nombre, ne seront pas mis en service, la préférence ayant été pour le type J, qui continuera à être construit même quand tous les autres types seront annulés en (excepté les chasseurs de défense).
Contrairement au type L, le type J avait des moteurs Junkers Jumo 213 qui étaient des V12 inversés de 1 750 ch.
Leur armement est constitué de deux canons de 30 mm, deux Mauser MG 151 fixes et tirant vers l'avant, ainsi que deux MG 151 tirant en oblique au-dessus du fuselage. Certains auront en plus une barbette de queue avec des Rheinmetall-Borsig MG 131 jumelées
Enzo Angelucci et Paolo Matricardi, Multiguide aviation – Les avions : 3/ la seconde guerre mondiale – France, Allemagne, Angleterre, etc., Elsevier Sequoia, , 320 p. (ISBN978-2-8003-0245-4), p. 163.
(en) Christoph Vernaleken et Martin Handig, Junkers Ju 388 : development, testing, and production of the last Junkers high-altitude aircraft, Atglen, PA, Schiffer Pub, coll. « Schiffer military history book », , 408 p. (ISBN978-0-7643-2429-1, OCLC123348901).
(en) William Green (ill. Dennis Punnett), Warplanes of the Third Reich, New York, Doubleday, , 1re éd., 672 p., 9.1 x 6.6 x 1.1 inches (ISBN978-0-385-05782-0, OCLC1111727).