Il entre à l'université d'Auburn où il joue pour l'équipe de football américain des Tigers.
Professionnel
Jonathan Palmer n'est sélectionné par aucune équipe lors du draft de la NFL de 2007. Il signe peu de temps après comme agent libre non drafté avec les Eagles de Philadelphie mais il ne reste pas longtemps. Durant quatre saisons, il va enchaîner les équipes d'entraînements de différentes franchises de la NFL, sans pour autant jouer un seul match comme professionnel.