Sous la présidence de Laurent-Désiré Kabila, il est nommé commandant de la 50e brigade chargée de la sécurité de la ville de Kinshasa[1]. Après la mort du président, son successeur Joseph Kabila le nomme en mars 2001 chef d'état-major de l'armée de l'air[1].
Le , Floribert Chebeya, président de l'ONG, la Voix des sans-voix et militant pour les droits de l'homme est assassiné à Kinshasa avec son assistant Fidèle Bazana. John Numbi est suspecté par plusieurs ONG d'être à l'origine de cet assassinat. Il est relevé de ses fonctions de chef de la police congolaise et est remplacé par Charles Bisengimana[4]. Cependant le , la Haute cour militaire refuse d'examiner les éventuelles implications du général John Numbi[5].
En juin 2017, le gouvernement congolais lui décerne le titre honorifique de grand officier de l'ordre des héros nationaux Kabila-Lumumba[4],[6],[7]. Cette distinction provoque l'indignation des ONG[6],[7] et marque le début d'un retour en grâce auprès du président Joseph Kabila[4]. Le , des remaniements importants sont faits au sein de la Police nationale congolaise[4]. Les nouvelles nominations ont été faites sur propositions de John Numbi, que le ministre de l'Intérieur Emmanuel Ramazani Shadary est venu voir à son domicile avant de les valider[4].
Numbi est accusé d'entretenir l'insécurité dans le Katanga[8].
Début 2021, d'une part, des révélations impliquant Numbi dans l'affaire Chebeya sont faites. D'autre part, le changement de majorité politique réduit le pouvoir de l'ancien président Kabila dont il est très proche. En mars 2021, selon plusieurs sources et articles de presse, Numbi aurait fui le pays, soit en Zambie, soit au Zimbabwe[9].
En avril 2021, John Numbi est officiellement poursuivi par la justice militaire pour « association de malfaiteurs » et « assassinat de Floribert Chebeya et Fidèle Bazana »[10]. Il est déclaré déserteur[11].
En août 2021, des armes lourdes sont retrouvées dans la résidence occupée par John Numbi à Kinshasa[11].
En , la RDC demande au Zimbabwe (où Numbi serait réfugié) l'extradition de ce dernier en application d'un mandat d'arrêt international. La justice militaire souhaite interroger Numbi à propos des armes lourdes trouvées en [12].
↑(en) Anneke Van Woudenberg, "We Will Crush You": The Restriction of Political Space in the Democratic Republic of the Congo, Human Rights Watch, , 96 p. (ISBN1-56432-405-2, lire en ligne), p. 76
↑ a et bRomain Gras et Stanis Bujakera Tshiamala, « RDC : sous pression des États-Unis, Félix Tshisekedi procède à un prudent remaniement dans l’armée », Jeune Afrique, (lire en ligne)