Il revient à son premier métier lorsque son ami le présidentWilliam McKinley, lui propose, en 1896, de devenir membre de son cabinet. Il accepte, quoiqu'il n'ait pas une grande expérience des questions maritimes, le poste de secrétaire à la Marine. Il s'y affronte avec son sous-secrétaire Theodore Roosevelt à propos de l'extension des forces navales, mais finit par s'y convertir quand la guerre hispano-américaine éclate en 1898. Il quitte son poste lorsque Theodore Roosevelt devient président des États-Unis, et revient une nouvelle fois à son premier métier. Il meurt chez lui en 1915.
Son œuvre littéraire comprend son journal personnel, une histoire de la Guerre hispano-américaine et une traduction en vers de l'Énéide de Virgile.
