John Boehner est né à Reading dans l'Ohio dans une famille de religion catholique.
Il commence son service militaire dans la Navy durant la guerre du Viêt Nam, mais est réformé au bout de 8 semaines d'entrainement intensif à cause de problèmes dorsaux.
Il est diplômé en commerce en 1977 de l'université Xavier, université catholique de Cincinnati et entame une carrière d'entrepreneur.
En 1990, il se présente aux primaires républicaines pour les élections au Congrès américain contre le représentant sortant, Donald "Buz" Lukens(en), impliqué dans un scandale sexuel. Boehner s'impose, puis est élu à la Chambre des représentants, la chambre basse du Congrès, pour la 102e législature. Il est ensuite constamment réélu.
De 1995 à 1999, il préside la conférence républicaine de la Chambre et la Commission sur l'éducation de 2001 à 2006.
En , il succède à Tom DeLay à la tête de la majorité républicaine à la Chambre.
En tant que leader de la majorité républicaine, il tenta d'assainir l'image du Congrès et des Républicains, dégradés par des scandales sexuels ou de corruption liés notamment au lobbyiste Jack Abramoff(en).
Candidat du monde des affaires, ses convictions sociales conservatrices sont néanmoins remises en question par la droite du parti et par les fondamentalistes chrétiens.
Il s'oppose aux mesures visant à freiner le réchauffement climatique, estimant qu'elles nuiraient à l’économie[2].
Le , il annonce qu'il démissionnera de ses fonctions et quittera la chambre basse du Congrès en octobre 2015[3]. Son départ est dû à la pression de l'aile droite du Parti républicain, qui veut couper les financements fédéraux de l'organisme de planification familiale Planned Parenthood[4].