Elle prend sa source dans les monts de la Jizera (en allemand : Isergebirge). Son premier affluent, la Jizerka (Jizera Mineure), qui prend sa source dans les monts des Géants, vient à sa confluence à Hrabačov près de Jilemnice.
La Jizera draine un bassin de 2 193 km2 et, après un parcours de 164 km, se jette dans l'Elbe non loin de Lázně Toušeň.
L'hydronyme est celte et témoigne de la présence des Boïens, il est le même que l'Isère française.
Le nom vient certainement des mots gauloisis et ara (eau vive, rivière).
D'autres fleuves d'Europe partagent cette étymologie :