Il avait été fait chevalier de la Légion d'honneur le mais rayé des listes le pour une faute d'honneur. Il est réintégré le compte tenu de ses mérites lors du siège de Paris et de ses faits d'armes à la bataille de Buzenval[2].
Mis en réforme en 1866, il se tourne vers le journalisme et collabore à différents journaux, dont Le Temps, La Tribune, Le Mot d'ordre ou bien Le Havre.
En 1870, Bouteiller commande un bataillon de la garde nationale parisienne.
Élu à la Commune de Paris le 26 mars 1871 par le 16e arrondissement, mais opposant au mouvement communard, il refuse d'y siéger.
Radié de la Légion d'honneur en 1873, il est réintégré dans cet ordre en 1879.
Élu dans le quartier des Bassins (16e arrondissement) en 1879, il siège au conseil municipal de Paris et au conseil général de la Seine jusqu'à sa mort. En tant que conseiller municipal, il s'occupe de questions d’éducation populaire et milite pour la création des bataillons scolaires dans son arrondissement. Il prend la présidence du Conseil municipal de Paris en 1882. L'année suivante, à l'occasion d'une élection législative partielle provoquée par la démission d'Henri Marmottan, il pose sa candidature et arrive en tête du premier tour, malgré une polémique concernant les conditions de sa radiation de la Légion d'honneur et malgré la concurrence d'un autre candidat républicain, Henri Thulié. Ce dernier se désiste entre les deux tours mais il est aussitôt remplacé par Georges Renaud, qui est soutenu par les républicains modérés (« opportunistes ») opposés à la candidature radicale de Bouteiller. Ce dernier est par conséquent battu par le royalisteLouis Calla.
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