Pendant son pontificat les coptes furent persécutés par les gouverneurs musulmans et le CalifeAl-Adid. De nombreux furent tués ou réduits en esclavage. Les églises paroissiales du Caire, comme l'église de Saint Menas a Haret El Room et l'église El-Zohari, furent saccagées et détruites. Elles furent toutefois reconstruites par un laïc copte Abu El-Fakhr Salib Ibn Mikhail. C'est également pendant cette période en 1164 que Saint Bashnouna(en) fut brûlé vif par les musulmans[3]. Le Patriarche Jean V avait lui même été successivement arrêté et emprisonné pendant deux semaines sous le règne du CalifefatimideAz-Zafir pour avoir battu son accusateur[1],[4].
Selon l' Histoire des patriarches de l'Église d'Alexandrie, un Négus d'Éthiopie écrit en 1152 à Jean V pour lui réclamer un nouvel abuna ou métropolite, car celui qui est en fonction Abuna Mikael est « trop âgé pour assumer sa charge ». Le prélat copte explique quant-à lui au patriarche que « le souverain n'est qu'un usurpateur qui ne demande sa destitution que parce que le métropolite refuse de le consacrer »… Bien que le nom du souverain ne soit pas mentionné, Carlo Conti Rossini l'identifie avec Mara Tekle Haymanot, et il estime que cet échange épistolaire est lié au refus de l'abouna de reconnaitre la légitimité de la nouvelle dynastie des Zagwés[5],[6].
↑François Clément, Nicolas Viton de Saint-Allais, Jean-Baptiste-Pierre Jullien de Courcelles, L'art de vérifier les dates des faits historiques, des inscriptions, et autres anciens monuments […], vol. 3, Paris, (lire en ligne), partie 2, p. 488-489
François Clément, Nicolas Viton de Saint-Allais, Jean-Baptiste-Pierre Jullien de Courcelles, L'art de vérifier les dates des faits historiques, des inscriptions, et autres anciens monuments […], vol. 3, Paris, (lire en ligne), partie 2, p. 489
