Fils cadet de Joachim Ier Nestor de Brandebourg et de son épouse Élisabeth, la fille du roi Jean Ier de Danemark. Contrairement à un règlement des Hohenzollern, son père, avant son décès, avait rédigé un testament dans lequel il exprima sa volonté de répartir la marche de Brandebourg entre ses deux fils : l'aîné Joachim II Hector reçut l'élecorat (Kurmark), tandis que le cadet Jean Ier reçut, quant à lui, la principauté de Brandebourg-Küstrin.
Biographie
En 1535, Jean Ier établit sa résidence au château de Custrin. Dès l'année suivante, il régna sur une principauté d'une superficie de 12 500 km2 comprenant :
Jean Ier développa la ville de Custrin et commença la construction de la forteresse sur le rives de l'Oder.
À la différence de son frère aîné, Jean Ier de Brandebourg-Küstrin fut un homme très pieux. Doté d'une grande énergie, il posséda une grande intelligence dans les domaines de l'économie et de la politique. Il parvint à stabiliser son État économiquement et militairement. De confession protestante, en 1538 il adhéra à la ligue de Smalkalde des princes luthériens. Toutefois, en raison de conflits d'intérêts, il participa à la guerre de Smalkalde (1546-1547) du côté de l'empereur Charles Quint. En échange, Charles lui accorda la liberté religieuse dans son État.
Par contre, Jean Ier de Brandebourg-Küstrin espéra en vain acquérir le duché de Poméranie au nord de son margraviat. Lors de la réunion de la Diète d'Empire (Reichstag) à Augsbourg en 1548, il se fâcha avec l'empereur Charles Quint qui, après sa victoire à la bataille de Mühldorf, tenta d'imposer la réinsertion des protestants dans l'Église catholique. Jean Ier rejeta l’Intérim d'Augsbourg sans discussion et refusa de participer à la procession de la Fête-Dieu. Tombé en disgrâce, l'intercession du roi Ferdinand Ier et de son frère Joachim II Hector lui préserve des conséquences graves.
De retour dans sa principauté de Brandebourg-Küstrin il tenta de créer une alliance contre les Habsbourg, mais sans succès. Plus tard, il se tient à distance de l'opposition des princes dirigée par l'électeur Maurice de Saxe. En 1556, il renonça au margraviat de Brandebourg-Kulmbach en faveur de son cousin Georges-Frédéric Ier.
Jean Ier de Brandebourg-Küstrin décéda dix jours après son frère aîné, le , il fut inhumé dans la crypte sous l'autel de l'église Sainte Marie de Custrin. Étant décédé sans descendance mâle, sa principauté fut réunifiée à la marche de Brandebourg, gouvernée par son neveu l’électeur Jean-Georges, fils de Joachim II. Jean Ier de Brandebourg-Küstrin laissa une fortune de plus d'un demi million de florins, tandis que son frère laissait une dette de 2,5 millions de florins.