Il naquit en 1373 et son surnom fait probablement référence à son lieu de naissance, le château de Beaufort, en Champagne semble-t-il. Jean de Gand obtint de son neveu Richard II la légitimation de ses enfants nés de Katherine Swynford, mais l'acte stipula qu'ils ne pouvaient pas être inclus dans l'ordre de succession au trône, bien que petit-fils d'Édouard III. On pense qu'il s'agissait d'un acte privé, car le duc obtint en janvier 1397 une déclaration semblable du Parlement. Quelques mois auparavant, Jean de Gand avait épousé sa maîtresse, probablement dans le but de déclarer publiquement la légitimité de ses enfants. Un descendant de Jean Beaufort montera cependant sur le trône, en la personne de son arrière-petit-fils Henri Tudor qui deviendra Henri VII après la bataille de Bosworth.