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Lacrosse est nommé contre-amiral. En 1799, il est envoyé comme ambassadeur auprès de la cour d'Espagne. À son retour d'Espagne, le ministère de la marine lui est offert, mais il le refuse.
Le contre-amiral Lacrosse se fait conduire à la Dominique, y attend l'expédition commandée par le général Antoine Richepanse, chargé par le premier consul Napoléon Bonaparte de rétablir l'esclavage. Il rentre alors avec elle à la Guadeloupe et le 4août 1802 devient capitaine général mais sous l’autorité de Richepanse. Il reprend, à la mort de Richepanse, le commandement en chef. Celui-ci n'a pu prendre connaissance de l'arrêté consulaire du 27messidoran XI () arrivé trop tard.
Pour éviter un soulèvement de la population, Lacrosse préfère ne pas divulguer cet arrêté tant qu'il n'est pas complètement maître de la situation et parvient, non sans dureté, à soumettre les révoltés ainsi qu'à rétablir l'ordre. C'est finalement le général Ernouf, son successeur, qui ordonne une publication officielle afin de rétablir un système fondé sur le travail servile et la discrimination raciale[6]. Il reste au pouvoir jusqu'au 8mai 1803[7]. Il s'embarque pour revenir en France sur la frégate la Didon.
Ignorant que le traité d'Amiens est rompu, il tombe aux environs de Brest sur une escadre anglaise, composée de douze vaisseaux de ligne. Il force le blocus, capturant au passage la corvetteLaurier qui servait de mouche à cette flotte. Il gagne les côtes d'Espagne avec sa prise, et la reconduit dans le port de Santander, où il débarque.
Napoléon Ier, dès son retour, le nomme préfet maritime, et lui confie l'inspection de la flottille qui se réunit dans le deuxième arrondissement maritime. En peu de jours, la flottille est prête à transporter les armées françaises sur le sol britannique.
À la mort de l'amiral Bruix, il prend le commandement en chef de l'armée navale. Lacrosse est créé commandeur de la Légion d'honneur en 1804, dès la fondation de l'Ordre.
En 1815, le contre-amiral Lacrosse cesse de faire partie de l'armée navale. Il se retire alors à Meilhan, où il meurt le . Il laisse un fils : Théobald de Lacrosse.
Jacques Adélaïde-Merlande, René Bélénus et Frédéric Régent, Image de couverture pour La rébellion de la Guadeloupe, 1801-1802
La rébellion de la Guadeloupe, 1801-1802, Gourbeyre, Conseil général de la Guadeloupe : Société d'histoire de la Guadeloupe, , 356 p. (ISBN9782860970075, OCLC53442427, BNF38874187)
« Lacrosse (Jean-Baptiste-Raymond, baron) », dans Étienne Taillemite, Dictionnaire des marins français, Tallandier, (ISBN2-84734-008-4), p. 288.
Alfred Veilhon, Le contre-amiral Lacrosse, gouverneur général de la Guadeloupe 1792-1793 et 1801-1802, p. 61-101, Revue de l'Agenais, 1933, tome 60 ( lire en ligne )
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