Thomas, un adolescent adopté et mal dans sa peau, se met en quête de son passé pour comprendre pourquoi sa mère l'a abandonné, en compagnie de son frère, lorsqu'il avait 4 ans. Il cherche alors sa mère sans en parler ni à son frère ni à ses parents adoptifs. Il découvre alors qu'elle n'est plus avec son père biologique, qu'elle a eu un troisième fils avec un autre homme et qu'elle vit désormais seule avec cet autre garçon qu'elle n'a pas abandonné.
L'histoire s'inspire d'un article d'Emmanuel Carrère, publié en 1990 dans L'Événement du jeudi[1], relatant un fait divers. Jacques Audiard est le premier à vouloir adapter cette histoire au cinéma et en parle au producteur Jean-Louis Livi[2]. Emmanuel Carrère est d'abord contacté pour écrire lui-même le scénario mais celui-ci abandonne rapidement[2], puis Audiard, tout en réalisant d'autres films, demande à Alain Le Henry de s'atteler à l'écriture[2]. Un scénario est alors terminé mais Audiard s'engage dans un autre projet, de grande importance pour lui, Un prophète. Jean-Louis Livi ne souhaite pas continuer à repousser le projet et fait donc appel à Claude Miller pour réaliser Je suis heureux que ma mère soit vivante[2].
Jean-Louis Livi et Claude Miller décident de faire appel à Nathan Miller pour coréaliser le film[2]. C'est donc le premier long métrage de fiction de Nathan Miller en tant que réalisateur et la deuxième collaboration de réalisation entre Miller père et Miller fils après le documentaire Marching band[3] (également en 2009).
Nathan Miller avait déjà été l'assistant-réalisateur de son père sur plusieurs films où il a joué quelques seconds rôles. Il avait, par ailleurs, réalisé de son côté plusieurs courts-métrages de fiction.
Olivier Curchod, Claude Miller. Une vie de films, Les Impressions nouvelles, , « Cosignatures : Je suis heureux que ma mère soit vivante, Marching Band », p. 373-400. (ISBN978-2-39070-098-2)
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