James Edward Keeler travailla à l'observatoire Lick à partir de 1888 mais fut nommé directeur de l'observatoire Allegheny en 1891. Il retourna à l'observatoire Lick comme directeur en 1898, mais mourut peu de temps après en 1900.
Il fit une étude spectroscopique des anneaux de Saturne et prouva en 1895 qu'ils ne pouvaient être des objets solides car ils ne tournaient pas à vitesse constante mais devaient plutôt être constitués d'une nuée de petits objets individuels.
Il découvrit deux astéroïdes, bien que le second soit ensuite perdu et retrouvé presque 100 ans plus tard.
En 1880, le directeur de l'observatoire Allegheny Samuel Pierpont Langley, accompagné de Keeler et d'autres chercheurs, organisa une expédition scientifique au sommet du Mont Whitney. Le but de l'expédition était d'étudier comment le rayonnement solaire était sélectivement absorbé par l'atmosphère terrestre, en comparant les mesures à haute altitude avec celles obtenues à basse altitude.