En , peu après l'accession au pouvoir de Marc Ravalomanana (dont il fut le conseiller juridique), il est nommé Premier ministre, fonction qu'il exerce jusqu'en . Sa proximité avec le cardinal Armand Razafindratandra a peut-être contribué à l'accession à ce poste[réf. souhaitée].
Jacques Sylla est élu président de l’Assemblée nationale le . Lors des événements de 2009, il se rapproche d'Andry Rajoelina, le nouvel homme fort de Madagascar. Puis selon l'accord de partage du pouvoir signé le à Maputo entre les quatre principales mouvances politiques malgaches, il assure la présidence du Congrès de la Transition du au , date à laquelle il est remplacé.
Marié à Yvette Rakoto, historienne et femme politique, il est un fervent catholique, père de quatre enfants. Yvette Sylla est professeur d'histoire et de géographie au lycée français de Tananarive. Elle a notamment été ministre des Affaires étrangères (2011) et à la tête d'autres départements ministériels (Travaux publics, Commerce et consommation) ; elle est nommée en 2019 ambassadrice auprès de l'UNESCO.
