Ion Izagirre commence sa saison 2013 au Tour Down Under, dont il prend la quatrième place. En juin, aux championnats d'Espagne, il est quatrième du contre-la-montre et deuxième de la course en ligne. Il dispute ensuite son premier Tour de France, terminé à la 69e place. En août, il termine second du Tour de Pologne, durant lequel il est leader du classement général pendant une journée. En septembre, il est neuvième du Grand Prix de Montréal puis prend, avec Euskaltel-Euskadi, la 17e place du championnat du monde du contre-la-montre par équipes.
2014-2016 : Movistar
À la fin de l'année 2013, l'équipe Euskaltel-Euskadi disparaît. Ion Izagirre, ainsi que son frère Gorka, est recruté par l'équipe Movistar. En début d'année 2014, Izagirre est quatrième du Tour d'Andalousie, remporté par le leader de l'équipe Alejandro Valverde. Huitième du Tour de Romandie en mai, il devient champion d'Espagne sur route le mois suivant, et se classe deuxième du championnat du contre-la-montre, derrière Valverde. En juillet, il est équipier de ce dernier au Tour de France. Valverde termine quatrième du classement général, Izagirre 41e. En août, il est à nouveau deuxième du Tour de Pologne, devancé de huit secondes par le Polonais Rafał Majka. En septembre, il prend la sixième place du Tour de Grande-Bretagne puis participe aux championnats du monde, à Ponferrada. Avec Movistar, il est sixième du contre-la-montre par équipes. Il dispute ensuite la course en ligne avec l'équipe d'Espagne, à nouveau au service de Valverde[2],[3]. Celui-ci est médaillé de bronze.
Il réalise sa meilleure saison en 2016, où il obtient des bons résultats de février à septembre. Deuxième du Tour de l'Algarve, il est ensuite cinquième de Paris-Nice et lauréat du Grand Prix Miguel Indurain. En progrès sur les courses par étapes World Tour, il monte sur le podium des Tours de Romandie (3e) et de Suisse (2e), remportant une étape chronométrée sur chaque course. Peu avant le Tour de France, il est sacré champion d'Espagne du contre-la-montre pour la première fois. Fin juillet, après avoir joué son rôle d'équipier sur le Tour de France, il remporte la 20e étape en solitaire[6]. Avec Alejandro Valverde, Joaquim Rodríguez, Imanol Erviti et Jonathan Castroviejo, il fait partie de la sélection espagnole pour la course en ligne des Jeux olympiques. Izagirre et Castroviejo sont également retenus pour le contre-la-montre[7]. Il abandonne la course en ligne et se classe finalement huitième du contre-la-montre. Régulier, il prend également la huitième place du Grand Prix cycliste de Montréal et de l'Eneco Tour. Au mois de septembre, il annonce ne pas renouveler son contrat avec l'équipe Movistar, pour rejoindre la nouvelle équipe Bahrain-Merida[8]. Considéré comme un leader sur certaines courses par étapes d'une semaine par Movistar, il souhaite être chef de file d'une équipe sur davantage d'épreuves, ce qui explique son départ de la formation espagnole[1]. En fin d'année 2016, il est classé 11e du classement World Tour et 12e du Classement mondial UCI.
Pour sa première année chez Bahrain-Merida en 2017, Ion Izagirre réalise la meilleure première partie de saison de sa carrière. Contraint à l'abandon sur chute lors du Tour d'Andalousie, il est ensuite septième de Paris-Nice et troisième du Tour du Pays basque. Lors des classiques ardennaises, il se classe septième de l'Amstel Gold Race, douzième de la Flèche wallonne et cinquième de Liège-Bastogne-Liège. Il conclut son prolifique mois d'avril en terminant cinqième du Tour de Romandie. De retour à la compétition en juin, il est sixième du Tour de Suisse et troisième du championnat d'Espagne sur route derrière deux coureurs Movistar. Il prend le départ du Tour de France comme leader de la formation Bahrain-Merida, mais une chute sous la pluie lors du contre-la-montre inaugural, le contraint à l'abandon et à mettre un terme à sa saison[9].
Ion Izagirre rejoint Cofidis en 2022. Il a un rôle de leader sur les courses d'une semaine et de soutien à Guillaume Martin pour les grands tours[13]. Pour sa première année, il répond rapidement aux attentes dès le début de saison en terminant successivement sixième du Gran Camiño, ainsi que septième de Paris-Nice et du Grand Prix Miguel Indurain. Lors du Tour du Pays basque, il remporte la dernière étape et se classe deuxième du général final, à seulement 11 secondes du vainqueur Daniel Martínez. Il est en retrait sur la suite de la saison, notamment sur le Tour de France et doit se contenter d'une sixième place sur le Tour Poitou-Charentes en Nouvelle-Aquitaine comme meilleur résultat. En juillet, Cofidis annonce l'extension du contrat d'Izagirre jusqu'en fin d'année 2024[14].
Une chute lors du Tour de Suisse 2024 lui cause une côte cassée, ce qui ne l'empêche pas d'être présent sur le Tour de France[16]. Lors de la première journée de repos, la formation Cofidis annonce la prolongation d'un an du contrat du coureur espagnol[17]. Malade, il abandonne cette course deux jours plus tard lors de la onzième étape[18]. En fin de saison, il est quatrième du Tour de Lombardie[19].
