Le , il est nommé évêque du diocèse de Prince George en Colombie-Britannique, fonction qu'il exerce jusqu'à sa démission le à la suite d'accusations d'abus sexuel.
En 1991, accusé d'agressions sexuelles, Hubert Patrick O'Connor démissionne après avoir travaillé dans les communautés autochtones du Yukon pendant 15 ans et en Colombie-Britannique pendant 5 ans[1].
En 1996, il est condamné à deux ans et demi de prison, par le juge Wally Oppal, pour avoir violé deux jeunes femmes autochtones durant les années 1960 alors qu'il était prêtre[1]. Il est libéré après avoir purgé six mois et payé une caution de 1 000 $ en attente d'appel.
La même année, il fait face à deux autres accusations : le viol d'une secrétaire et celui d'une élève du pensionnat qu'il administrait. Les deux cas sont vite abandonnés faute de preuve mais un nouveau procès est requis[2],[3].
Ces poursuites sont finalement abandonnées après que Hubert O'Connor eut participé à un cercle de guérison à Alkali Lake, un petit village autochtone situé près de Williams Lake[2].
Il meurt le d'une crise cardiaque. Il est alors toujours membre des Oblat de Marie-Immaculée
et sa communauté l'honore malgré sa condamnation pour les viols de deux jeunes femmes[1],[2].
