Hrishikesh Mukherjee étudie les sciences et obtient un diplôme en chimie de l'université de Calcutta. Pendant un temps, il enseigne les mathématiques et les sciences.
Il amorce sa carrière au cinéma en tant que monteur et assistant réalisateur à Bombay, en 1951. Pendant six ans, il fait partie de l'équipe qui accompagne Bimal Roy, réalisateur prestigieux en Inde. Toutefois, en 1957, il passe à la réalisation de son premier film, Musafir. L'acteur et réalisateur Raj Kapoor le remarque. Devinant en Mukherjee les qualités d'un très grand réalisateur, il accepte de jouer le rôle principal dans Anari (1959) et lui prodigue des conseils pendant le tournage. Le film est un succès critique autant qu'un hit au box-office.
En 1960, il réalise son troisième film, intitulé Anuradha, qui remporte cinq Filmfare Awards. Le Président de l'Inde lui décerne une médaille pour la beauté des images et du scénario.
En 1966, Anupama confirme les qualités du cinéma de Hrishikesh Mukherjee, mais c'est en 1970 qu'il réalise son chef-d'œuvre, Anand, film qui remporte le National Film Award du meilleur film en Hindi en 1970 et le Filmfare Award du meilleur film en 1972. Pour marquer sa reconnaissance envers ses amis Bimal Roy et Raj Kapoor, Hrishikesh Mukherjee leur a dédié Anupama et Anand.
Il est l'un des plus célèbres réalisateurs indiens pour avoir représenté la classe moyenne indienne dans ses films[1] dans ce qu'on appelle le middle cinema. Bien qu'il réalise ses films à Bollywood, Hrishikesh Mukherjee en évite dans les extravagances pour mieux représenter la réalité sociale indienne des classes aisées sans toutefois verser dans le réalisme intransigeant du cinéma d'art et d'essai.