Depuis septembre 2011, il est secrétaire général de la Conférence épiscopale de Belgique. Il succède à Étienne Quintiens[5]. Jusqu'en août 2020, il était également directeur du Centre interdiocésain de Bruxelles, où il a été remplacé par Paul Delva[6].
Il est également cofondateur et coordinateur du groupe de réflexion Logement Social du projet Bethlehem[7] et membre du conseil consultatif du centre de documentation KADOC (KU Leuven)[8].
En décembre 2014, le Parlement flamand organise des auditions sur la question des adoptions forcées : Dans les années 1960 à 1980, des femmes en difficulté ont été incitées à abandonner leur bébé à la naissance, pour qu'il soit adopté. Lors de son audition, Herman Cosijns fait sensation en déclarant qu'il est faux de parler d'adoptions forcées[9].
En décembre 2021, après l'enquête menée par les journalistes Ruben Brugnera et Marieke Brugnera en collaboration avec l'émission télévisée RTBF #Investigation, les magazines Le Vif et Knack, les organisations de lutte contre la pauvreté Poverello et Rafaël - gérées par des religieux ou des personnes proches de l'Église - sont sous le feu des critiques. L'ASBL Rafaël à Anderlecht se serait rendue coupable d'exploitation d'anciens résidents, de conflits d'intérêts et détournements d'argent. Quant à l'ASBL Poverello, malgré un compte bancaire bien rempli et beaucoup de biens immobiliers en sa possession, la célèbre organisation à but non lucratif ne dépenserait pratiquement pas d'argent pour les pauvres, et des dizaines de millions d'aides aux démunis restent inutilisés[10]. Dans l'entretien avec les journalistes diffusé par la RTBF, Herman Cosijns répond aux critiques et aux bénévoles abasourdis[11],[12].
Il quitte sa fonction de secrétaire général en [13].
