L'enregistrement de Green Onions n'était absolument pas prévu, ni même la formation du groupe[2]. En , le jeune pianiste et organiste Booker T. Jones, le guitariste Steve Cropper, le bassiste Lewie Steinberg et le batteur Al Jackson, Jr. sont réunis en studio pour une séance d'enregistrement avec le chanteur Billy Lee Riley, mais celle-ci est annulée au dernier moment.
Les quatre musiciens commencent alors à jouer ensemble, improvisant autour d'un blues dont Booker T. Jones a jeté les bases. Jim Stewart, le patron du label Stax, qui est à la console, séduit par ce qu'il entend, enregistre les musiciens. Il veut même sortir ce morceau instrumental, titré Behave Yourself, en single. Cependant, comme il faut un deuxième titre pour la face B, Jim Stewart demande au quatuor de jouer un autre morceau. C'est une nouvelle improvisation autour de l'orgue Hammond de Booker T. Jones, qui aboutit à un instrumental plus rythmé qui sera baptisé Green Onions (inspiré du groove musical du standard du bluesélectriqueBoogie Chillen' de 1948 et Boom Boom de 1962 du bluesman américain John Lee Hooker[réf. nécessaire]). L'alchimie ayant fonctionné entre les quatre musiciens, ils décident de former le groupe Booker T. and the M.G.'s (M.G. pour Memphis Group).
Green Onions sort tout d'abord localement en 45 tours en sur le label Volt, filiale de Stax. Le titre Green Onions de la Face B devient rapidement un tube des radios américaines, avant d'être réédité en face A à l’échelle nationale sur le label Stax lui-même en . Il est ensuite inclus dans l'album Green Onions d', un des plus importants succès du label Stax.
Green Onions a été utilisé dans des spots publicitaires, des séries télévisées ou des films tels que American Graffiti de George Lucas ou Quadrophenia de Franc Roddam[6]. Son utilisation dans ce dernier film s'accompagne d'une réédition du single au Royaume-Uni et en Irlande, permettant à Green Onions d'entrer pour la première fois dans les charts de ces deux pays fin 1979 début 1980, culminant respectivement à la 7e et à la 9e place[7].