La première gare de Rion a été construite en 1853, avec la ligne Bordeaux – Hendaye. Elle accueille son premier train le .
À partir des années 1970, le trafic de voyageurs décline rapidement. Seuls deux trains assuraient ce trafic, un le matin en direction de Dax et l'autre le soir en direction de Bordeaux. Le trafic de marchandises se composait des wagons de produits chimiques de la MLPC, des palettes de la scierie Neurisse (autrefois derrière la gare) et du charbon de bois d'une entreprise de Tartas.
Le bâtiment du XIXe siècle est détruit puis remplacé par l'actuel en 1978. La gare finit par être fermée en [1].