Francine Bavay a été condamnée à deux mois de prison avec sursis pour fauchage d'OGM en 2005[3].
Candidature « anti-libérale » à la présidentielle 2007
Alors que la majorité des Verts estime qu'il faut désormais se regrouper pour défendre des positions communes, Francine Bavay et d'autres militants verts comme Patrick Farbiaz, Sergio Coronado ou Bernard Guibert ont continué à défendre la nécessité d'un candidat qui se serait prononcé pour le « non » au référendum de 2005.
Avec les membres du courant Vert Alter Ekolo, elle s'est investie dans les collectifs unitaires, en participant à de nombreuses réunions publiques et à la préparation de la précampagne. Elle défendait la candidature de José Bové pour l'élection présidentielle, une idée qu'elle défend avec son courant au Congrès des Verts de novembre 2007[4].
Le 16 décembre2006, elle est élue au collège exécutif des Verts comme représentante de son courant, chargée des questions économiques et sociales. Avec les membres du courant Alter Ekolo elle s'engage pour la campagne de José Bové et en devient porte parole de campagne. Les Verts Île de France la suspendent de son mandat interne au collège exécutif jusqu'en juin 2008[5],[6].
En octobre 2007, elle est motrice dans l'organisation du Grenelle alternatif et citoyen[7] construit pour porter une autre discours face au Grenelle de l'environnement.
Candidates aux municipales 2008
En janvier 2008, une convocation pour prélèvement d’ADN lui parvient à la suite de sa condamnation pour des faits de fauchage volontaire à Orléans en 2006. Elle reçoit le soutien de l'exécutif du Conseil régional d'Ile-de-France, région déclarée "sans OGM" en 2004.
Aux municipales de mars, elle est à la tête d'une liste "Châtillon Ecologie Solidaire" qui obtient 6,59 % au premier tour, liste qui fusionne avec la liste socialiste au second tour sans succès.
Congrès des verts 2008
Pour ce congrès, elle participe à la motion Altermondialisme, décroissance et écologie populaire (ADEP) avec Martine Billard, Yves Contassot et Sergio Coronado qui recueille 11,8 % lors de l'Assemblée générale des Verts du 16 novembre.
Élections régionales de 2010
Elle se présente sur la liste Europe Écologie en Île-de-France dans le département des Hauts de Seine en 4e position.
Cette liste ayant obtenu 16,58 % des voix le 14 mars 2010, elle fusionne pour le second tour avec la liste socialiste de Jean Paul Huchon et la liste du Front de Gauche permettant à Francine Bavay d'être élue en 8e place sur cette liste le 21 mars 2010.
Elle a été à l'origine de la création[réf. nécessaire] en 2003 de l'association Élu-es contre les Violences faites aux femmes[10], association d'élues et d'élus de toutes sensibilités politiques qui informent et organisent des réunions pour dénoncer et combattre les violences faites aux femmes, comme notamment la Journée de sensibilisation, de formation et de réflexion[11].
Elle poursuit cet engagement par la mise en place de politiques au conseil régional d'Île-de-France : droit à l'avortement, soutien au planning familial, soutien aux femmes en difficulté ou campagne contre les violences familiales.
