Rentré en France, il se retire de sa charge archiépiscopale le [1]. Il est nommé évêque d'Autun en 1802, mais conserve à titre exceptionnel le titre d'archevêque qu'il portait précédemment. Désigné le , sa désignation est confirmée le , et il est installé dans sa fonction le [1].
Il meurt le , après avoir visité à Autun des prisonniers autrichiens malades du typhus ou du choléra[1].
↑« Fontanges, François de », Notice et portraits des députés de 1789, sur le site de l'Assemblée nationale, consulté le 13 janvier 2014.
↑Récit publié en 1822 dans le tome II des Mémoires de Weber. Source : Jean Ladame, Un évêque d'Autun historien de la "Fuite de Varennes", revue bimensuelle Église d'Autun du 3 mai 1991, pages 271-277.
↑Comte de Saint Saud, Armorial des prélats français du XIXe siècle, Paris, 1906, H. Daragon, 415p., p.59. Consultable sur Gallica..
La fuite du roi le , relation de voyage adressée par François de Fontanges, prélat, membre de l'Assemblée Constituante, à un ministre en pays étranger, édition posthume 1898 ; H. Gautier, Coll., Les Grands Jours de l'Histoire.
« Considérations sur les limites de la puissance spirituelle et de la puissance civile, par M. l'archevêque de Toulouse (1790) », dans Augustin Barruel, Collection ecclésiastique, vol. 2, éd. Crapart, Paris, 1791.