Sa mère est Éléonore de Roye (1536 –1564), première épouse du prince.
Titré marquis de Conti, François est élevé dans une famille protestante. À partir de novembre 1565, la seconde épouse de son père est Françoise d'Orléans-Longueville (1549-1601).
Quelques semaines après le massacre de la Saint-Barthélemy (24 août 1572), il se convertit au catholicisme, ainsi que son demi-frère Charles, sa belle-sœur Marie et sa belle-mère.
Durant le soulèvement de la Ligue, il manifeste son soutien à son cousin Henri de Navarre et quitte même la cour en 1587 pour le suivre.
Henri de Navarre, chef du parti protestant, est alors héritier présomptif du trône, Henri III n'ayant pas de fils pour lui succéder et le dernier fils d'Henri II, François de Valois étant mort en 1584[1].
Le règne d'Henri IV (1589-1610)
En 1589, après l'assassinat d'Henri III, il devient le deuxième personnage du royaume[pas clair]. Il est parmi les premiers à reconnaître Henri de Navarre comme roi de France.
Il participe à ses côtés à la guerre contre la Ligue, qui se poursuit, notamment à la bataille d'Ivry (14 mars 1590) ainsi qu’au château de Lavardin d’on il fit le siège à la demande d’Henri IV
Il devient héritier présomptif du trône de France à la mort du cardinal de Bourbon (1523-1590).
Commandant de la Touraine, du Maine et l'Anjou
En 1592, il commandait la Touraine, le Maine et l'Anjou. Il était bègue, sourd et de plus atteint d'un tremblement nerveux. Il devait à son rang plutôt qu'à son mérite la lieutenance-générale de toutes les provinces dont la Touraine était le centre. Cependant, sa bravoure est remarquée[2], et « il y avait dans ses veines une goutte de ce sang des Condé qui allait atteindre sa plénitude d'expansion sous le règne de Louis XIV ». Pour un autre auteur, « Ce n'était pas un capitaine de mérite, mais il était actif et entreprenant; il fit aux ligueurs une guerre très vive. » Pendant l'année 1591, il leur avait enlevé, dans le Haut-Anjou, une série de forteresses[3].
« Vray Dieu! qui eust jamais pencé Que la cruaulté enraigée Dung sourt et muet incensé Eust esté si tost engaigée? Dieu seul sa fortune a changée Pour sa tirannye du passé. Il nest que daller[4]. Michel Luette, Pique-mouches, 1592 »
Il est nommé gouverneur d'Auvergne, gouverneur de Paris et gouverneur du Dauphiné en 1595.
La régence de Marie de Médicis (1610-1614)
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Il meurt en 1614 sans laisser d'héritier légitime.
Généalogie
Mariage et descendance
Le , il épouse à Paris, au palais du Louvre Jeanne de Coesme (1560-1601) sans postérité.
Sa veuve Louise-Marguerite, plus connue sous le nom de princesse de Conti, s’illustre sous le règne de Louis XIII par sa liberté d’esprit. Dame d’honneur de Marie de Médicis et d’Anne d'Autriche, elle a participé aux complots contre le cardinal de Richelieu.
François de Bourbon-Conti a eu un fils illégitime, Nicolas de Conti, mort en 1648 à Paris et inhumé à St-Germain-des-Prés le , dit « le bâtard de Conti », prieur et abbé de Gramont ; abbé de la Couture (diocèse du Mans) ; abbé de Bassac (Saintonge) à partir du .