Député au Folketing depuis le , il a été nommé ministre de la Circulation le dans le premier cabinet du libéralAnders Fogh Rasmussen. À partir du , il cumule ce poste avec le ministère de la Coopération nordique. Il échange ce dernier contre le portefeuille nouvellement créé de l'Énergie le , au moment de la formation du deuxième cabinet Fogh Rasmussen.
Il quitte le gouvernement le , deux mois tout juste avant les législatives anticipées, et se voit remplacé par Jakob Axel Nielsen.
Par ailleurs, Flemming Hansen possède trois magasins de chaussures, à Vejle, Fredericia et Horsens.