L'invasion de la France par les troupes allemandes, le , entraîne le rapatriement de la demi-brigade qui débarque, le en Bretagne aux combats sur le territoire national. Elle est rapidement prise dans la tourmente de la débâcle et le 21 juin les rescapés de la demi-brigade réussissent à embarquer et à rejoindre l'Écosse.
Felipe Maeztu fait partie des 900 légionnaires qui décide de rallier le général de Gaulle le [1].
En , il est promu sous-lieutenant et prend le commandement d'un peloton de la 1re compagnie de transmission au sein de la 1re brigade française libre. Il combat à Bir-Hakeim, El-Alamein et en Tripolitaine[1].
Lorsqu'elle atteint l'Alsace, son unité est envoyée réduire les poches de résistance sur le front de l'Atlantique. Elle est rappelée en urgence pour défendre Strasbourg en . Le , avec la 13e DBLE, participe à l'offensive de la 1re armée pour réduire la poche de Colmar[1].
En , il prend part aux combats du massif de l'Authion, l’une des dernières sur le territoire français, qui ouvre le chemin des crêtes italiennes et permet aux troupes françaises de poursuivre vers le Piémont où Felipe Maeztu finit la guerre à Turin[1].
En , il reçoit la nationalité française. Il participe encore à la guerre d'Indochine puis quitte l'armée en 1952 avec le grade de commandant[1].
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