Eugène Béjot est l'auteur de 436 estampes originales, dont 420 eaux-fortes, vernis mous et aquatinte gravés entre 1891 et 1930. Il a réalisé treize lithographies et trois xylographies entre 1895 et 1898. Son oeuvre compte en outre de nombreuses illustrations pour le livre[3].
L'œuvre gravé de Béjot est essentiellement consacré aux paysages urbains. Paris lui fournit ses motifs principaux. Certaines feuilles paraissent isolées, et sont tirées en petit nombre d'exemplaires, entre sept et dix[3]. Il apprécie les papiers anciens et rares pour l'impression. Il publie également des suites, à plus fort tirage, dont les plus célèbres sont :
La Seine à Paris (6 eaux-fortes) en 1892
Du Ier au XXe arrondissement de Paris (20 eaux-fortes plus une couverture), avec une préface de Jules Claretie en 1903
Bateaux de Paris (14 eaux-fortes) avec un texte de Gustave Geffroy en 1903
Voyageant hors de la capitale, Béjot a également gravé sur d'autres motifs : Nemours (à partir de 1903), Londres, la Hollande (1909), l'Espagne (1912-1913), Anvers (1923-1924). Durant l'entre-deux-guerres, il visite les ports français et grave des vues de Saint-Malo, Rouen, Bordeaux, Nantes, Douarnenez[3].
Eugène Béjot est enfin l'auteur de quelques portraits, essentiellement des « types » populaires.
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