À son retour en France en 1951, il est assistant de grec à l'université de Lille (1951-1953). Il soutient une thèse d'État ès lettres en 1953, intitulée Le relief cultuel gréco-romain : contribution à l'histoire de l'art de l'Empire romain[7], et il est recruté comme professeur d'université à Lille (1953-1963). Il est directeur des Antiquités historiques du Nord-Picardie (1953-1968). Il rejoint la Faculté des lettres de Paris comme professeur de langue et littérature grecques (1963-1970) puis devient professeur d'histoire de l'art et archéologie à l'Institut d'art et d'archéologie de l'université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (1970-1973).
Il revient à Beyrouth, en tant que directeur de l'Institut français d’archéologie du Proche-Orient (IFAPO) (1973-1980) et mène dans ce cadre une activité considérable, lors de la guerre du Liban, pour préserver les intérêts de l'Institut et « lui donner un nouvel élan », notamment en ouvrant des antennes à Amman (Jordanie) et à Damas (Syrie)[8]. L'IFAPO est depuis 2003 une composante de l'actuel Institut français du Proche-Orient (IFPO).
Au terme de sa mission, il reprend son poste à l'Institut d'art et d'archéologie, puis prend sa retraite universitaire en 1982[9].
Il dirige durant 19 ans la revue Syria, revue d'archéologie de l'Institut Français du Proche-Orient (1978-1997).
↑Malou Schneider, « Du Rhin à l'Euphrate. Archéologues alsaciens au Levant », Subartu XVII, 2006, p. 1-6.
↑Georges Le Rider, « Notice sur la vie et les travaux d'Ernest Will, membre de l'Académie », Comptes rendus des séances de l'Académie des Inscriptions et Belles-Lettres, vol. 143, no 3, , p. 885–893 (lire en ligne, consulté le )
↑Mélanges offerts à Ernest Will, Revue du Nord,LXVI, n°260, 1984