Elle a été entraînée dès son plus jeune âge par son père, Thomas Pähtz, lui-même un grand maître du jeu. À l'âge de neuf ans, elle remporte le championnat allemand des moins de 11 ans. En 1999, elle devient la championne d'Allemagne. En 2002, elle devient championne du monde des moins de 18 ans et en 2004, elle devient championne du monde junior.
La même année, au championnat d'Europe individuel à Dresde, elle atteint la 16e place. Elle suit les cours de l'école des sports de Dresde jusqu'à 2004 et est l'une des plus fortes joueuses d'Allemagne. En compétition par équipe, elle défend les couleurs du Dresdner Sport Club 1898.
Elle s'est mariée à Erfurt en septembre 2015 avec Luca Shytaj, ils ont vécu à Rome et ont ensuite déménagé en Allemagne. Les deux joueurs d'échecs se sont ensuite séparés.
En , son classement Elo est de 2 483 et elle est la numéro 1 allemande.
Résultats de Elisabeth Pähtz aux championnats du monde féminins