La nouvelle constitution de 1886 abolit le fédéralisme qui prévalait jusque-là ainsi que sa conséquence, les États souverains. 26 départements sont créés[1].
Le département d'Atlántico est créé dans le cadre du plan de modernisation du président Rafael Reyes[2], qui nomme le général Diego A. De Castro gouverneur. Le département est formé par les provinces de Sabanalarga et Barranquilla, séparées du département de Bolívar, avec Barranquilla comme capitale.
En 1911 est créée la Comisaría Especial de Arauca, avec la ville d'Arauca pour capitale, qui devient en 1955 Intendencia Nacional. L'Arauca est séparé de Boyacá en 1960 et intégré au département de Meta. En 1963 est institué le Consejo Intendencial d'Arauca.
En 1928 est créé le Commissariat de l'Amazonas (Comisaría del Amazonas), qui devient en 1931 l'Intendance de l'Amazonas (Intendencia del Amazonas). Celle-ci devient Comisaría Especial del Amazonas en 1943 puis à nouveau Intendencia Nacional del Amazonas en 1951 et enfin Comisaría del Amazonas en 1957.
En 1951, le département de Córdoba est créé par la Loi 9 de 1951, retranchant 23 981,93 km2 au territoire du Bolívar[3].
Le , le décret 3640 organise Bogota comme un Distrito Especial de Bogotá[4]. Par l'ordonnance no 7 du Conseil administratif de Cundinamarca sont annexées les municipalités voisines d'Engativá, Fontibón, Suba, Usme, Usaquén et Bosa. Le territoire de Sumapaz est annexé en 1955, donnant au district sa configuration finale.
En 1966 est créé le département de Sucre, par la Loi 47 de 1966, qui enlève 10 783 km2 du département de Bolívar[5] et lui donne sa forme actuelle.
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