Dominique Dupuy est engagé dans la compagnie de Jean Weidt en 1946, pour danser dans la pièce Cellule. Il fait à cette occasion la rencontre de sa future femme Françoise Michaud (1925-2022) qu'il épouse en 1951 et avec laquelle il ne cessera dès lors de travailler[2]. Jeune danseur, Dominique Dupuy se forme également auprès de la danseuse et pédagogue russe Olga Preobrajenska puis de Merce Cunningham[3] avant de travailler ensuite auprès de Jerome Andrews. En 1955, Françoise et Dominique Dupuy fondent ensemble Les Ballets modernes de Paris, compagnie destinée à la recherche chorégraphique en danse moderne mais aussi en danse contemporaine[3].
Dominique Dupuy et sa femme sont à l'origine de « quelques pièces-étapes de l'histoire de la danse moderne et contemporaine »[4] dont une version du Mandarin merveilleux en 1965.
Dominique Dupuy a été également un important pédagogue au sein de l'Institut de formation à l'enseignement de la danse et de la musique (qui deviendra le Centre national de la danse) et le directeur de 1991 à 1995 du département de la danse de l'Institut de pédagogie musicale et chorégraphique[3]. En 1996, ils créent le Mas de la danse à Fontvieille dans les Bouches-du-Rhône, une institution devenue lieu de résidence pour chorégraphes mais permettant également des rencontres et des colloques ouverts à un plus large public.