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Entre 1974 et 1977, il fréquente l' École nationale supérieure des arts appliqués et des métiers d’arts, Olivier de Serre, Paris. Entre 1984 et 1986, il fréquente l'École nationale supérieure des beaux-arts de Paris, le département de morphologie et l'atelier Leonardo Cremonini[1]. Entre 1987 et 1988, il vit et travaille au théâtre du Vieux-Colombier à Paris, alors inoccupé[1]. Il y peint la série des Théâtres rouges.
Il effectue de fréquents voyages en Grèce depuis 1984 et s’installe à Athènes en 1989. Il peint dans le port du Pirée, à Keratsini et à Eleusis. Il rentre en 1988 à la galerie Berggruen à Paris.
Le directeur du festival de danse d’Arles, Olivier Etcheverry, l'invite en 1990. Il peint dans une usine de chaudronnerie lourde où Mark Tompkins, chorégraphe, crée Moving Pictures. Il réalise une série de peintures et de Grands fusains de l'usine. À partir de 1990, il réalise des peintures pour le cinéma et des séries télévisées.
Entre 1998 et 2010, Didier Paquignon réalise des illustrations pour les couvertures de la collection Le Livre de poche ainsi que pour la collection La Pochothèque (Hachette).
2007 : Le Champagne dans l'Art, Jean-Marie Pinçon, Paris, Éditions Thalia, 174 p. (ISBN978-2-35278-023-6).
2009 : Parce qu'il aime..., Pascal Pistacio, Paris, Éditions Lienart, , 137 p. (ISBN978-2-35906-015-7).
2014 : Didier Paquignon, traqueur infatigable, par Delfeil de Ton, Le Cahier Dessiné n°9, Paris, Éditions Les Cahiers Dessinés (ISBN979-10-90875-22-7).
2024 : Les asperges de Marcel Proust, Jacques Drillon, Du Lérot éditeur. (ISBN978-2-35548-181-9).
2024 : Konversation Zwischen kunst & Wissenschaft - Kosmos Primeo Energie - 86 pages - Bâle (ISBN978-2-95853-272-7).
2024 : Faits-Divers : une hypothèse en 26 lettres, 5 équations et aucune réponse - MAC VAL - Musée d'Art Contemporain du Val-de-Marne. 259 pages. (ISBN978-2-38203-204-6)
1996 : Déambulation II, galerie Art & Patrimoine, Paris
1997 : Géricault, points de vue contemporains, École Nationale Supérieure des Beaux-Arts de Paris
1997 : Les 10 jours de l’art contemporain, galerie Art & Patrimoine, Paris
1997 : Galerie Samedi, Montfort-L’Amaury
1998 : Le mois de l’estampe, atelier À fleur de Pierre , Jacques de Champfleury, Paris
1999 : SACEM, 25 ans de collection d’art contemporain, 1974/1999, Manufacture des Œillets, Ivry-sur-Seine
1999 : Dessins, gravures & monotypes de cinq artistes français, Institut français de Prague, République tchèque
2000 : 2000 κονσέρβες, 2000 conserves, atelier de lithographie "Bazaar", Curator: Alexis Veroukas, Le Pirée, Grèce
2000 : Salon du château des Logis, Brécey
2000 : Salon de mai, Paris
2001 : Les Jardins, monotypes, La Ruche, passage Dantzig, Paris
2007 : Nouvelles acquisitions 2007, Fondation Colas, Paris
2003-08 : Les ports de la Méditerranée, une exposition itinérante : Athènes, Thessalonique, Rhodes, Heraklion, etc. International Center of Fine Arts, Athènes, Grèce
2010 : Dessins français contemporains, galerie Vincent Pietryka, Paris `
2013 : Follow-on, La Living Art Gallery, Palais de Tokyo, Paris
2013 : De Tokyo à Tirana, Ana González Sola / Didier Paquignon, galerie Arcturus, Paris
2013 : Hareng, histoire d’un poisson, musée du dessin et de l’estampe originale, Arsenal, Gravelines
2013 : Carrément audacieux, Carré rive gauche, Paris
2014 : Mes faits divers, Le Cahier Dessiné no 9, présentation à la Halle Saint-Pierre, Paris
2015 : Cher modèle, musée du dessin et de l’estampe originale, Arsenal, Gravelines
2018 : Sens Contre sens : Glen Baxter, Nelly Maurel, Didier Paquignon, Roland Topor, Tomi Ungerer - fondation Fernet-Branca - Saint-Louis (Haut-Rhin), commissaire d'exposition : Pierre-Jean Sugier [17],[18]
2018 : Malbodium Museum, vingtième anniversaire, 1997-2017, centre culturel de Maubeuge
2018 : Draw me a man, the human figure in the collection of an artist, Historical Archives-Museum of Hydra, Grèce[19]
2019 : Regards croisés sur la ville de trois artistes contemporains, Ana González Sola - Pascale Hemery - Didier Paquignon, galerie L'imagerie - Toulouse
2019 : ST-ART - Foire d’art contemporain et de Design de Strasbourg
2020 : Pop-Up Art, Dynamisme et Force créative de la région Rhénane - fondation Fernet-Branca - Saint-Louis (Haut-Rhin)
Étienne Assenat. Florence Gillet. Didier Paquignon, hôtel de ville de Paris , salle Saint-Jean, texte de Daniel Malbert : En chemin, Éditions Association pour la promotion des arts à l’hôtel de la ville de Paris, 1995, 69 pages.
À toutes les femmes, plus une, texte d'Olivier Etcheverry, Paris, galerie Art et Patrimoine, 1996.
Voyage en Shqipëri. Monotypes et peintures, Centre Culturel de l’Arsenal, Maubeuge, texte de Leonardo Cremonini : « Pourquoi nous en sommes là aujourd’hui? », Éditions Malbodium Museum, 2002, 96 pages (ISBN2912473179).
Tu rencontreras d’abord les sirènes, musée de l’Orangerie des Tuileries, textes de Philippe Piguet : « La lumière et l’espace », François Fontaine : « Café - place Stalingrad, 26 mai, 9h30 » et Cécile Guilbert : « Fragments de corps intimes », Paris, Éditions Lienart, 2009, 104 p. (ISBN9782359060041).
Corps Urbain(s), musée Lambinet, école des beaux-arts de Versailles, textes de Françoise Roussel-Leriche : « L’urbanité sans fard », de Bertrand Alapetite : « L’homme en question », d'Elsa Delachair : « La débâcle », de Frédéric Roux, texte extrait de L’absence, exploit divin, de Tania de Montaigne : « Regarder les Muses », de Christine Albanel : « Les Muses » et de Philippe Ducas : « Les demi-nus de Paquignon », Éditions Lienart, 2014, 103 p. (ISBN9782359061215).
Les Muses, Espace d’art Contemporain, Fondation Fernet-Branca, Saint-Louis (Haut-Rhin), texte d'Éric Chevillard : « Du bon usage des Muses », Éditions de Saint-Louis, 2016, 52 p. (ISBN9782917186763).
...et n’omets pas de leur parler d’amour et de choses semblables, musée(s) de Belfort, texte de Pierre-Jean Sugier : « Sol y sombra, l'ombre d'un regard », 2023, 64 p. (ISBN9782958532703)